NextSeq™ 1000/2000 control software v1.2的安装指导

04/25/21


本公告是对NextSeq™1000/2000 v1.2控制软件release notes的概述,并指导客户完成安​​装流程。此说明仅适用于控制软件v1.2的升级。软件安装程序和release notes可以在 NextSeq 1000/2000 Control Software Suite v1.2.0 页面找到。

制定实验计划时请预留至多2个小时的软件升级时间(不含软件下载时间)。

如果要安装DRAGEN Enrichment v3.7.4,必须首先按照此处概述的步骤将NextSeq 1000/2000控制软件更新为v1.2。

注意:如果要安装多个DRAGEN workflows,请参考各自Install DRAGEN workflows的详细步骤。

准备 |  在线安装 | 离线安装 | 已知的问题
准备

1.  总安装时间(不包括文件下载时间)最多可能需要2个小时。

2. 对于离线客户,需要获取更新的DRAGEN许可证文件:

  • 重新安装请联系customercare@illumina.com申请离线版DRAGEN许可证。以ilmnadmin账户身份登录机器,并将此license.zip文件保存到桌面。

3.    因为需要访问ilmnadmin帐户,因此请确保提供正确的凭证。

4.    登录到ilmnadmin帐户:

a. 如果已经以ilmnuser身份登录并且打开了控制软件,请在控制软件菜单里选择“Exit Application”进入到桌面界面。

b. 点击屏幕右上角的电源按钮图标,然后选择ilmnuser->Log Out,退出ilmnuser账号。

c. 在登录界面,选择ilmnadmin,然后输入密码,登录ilmnadmin账户。

d. 控制软件将自动启动。

5.    升级安装文件最多需要16 GB的桌面可用空间。请按照以下步骤释放桌面空间。

a. 在控制软件中点击控制软件菜单,然后选择Minimize Application,进入桌面界面。

b. 从桌面删除或转移不需要的文件。

c. 清空垃圾桶以释放磁盘空间。

i. 选择Applications,然后从桌面的左上角选择Files以启动文件浏览器。

ii. 在文件资源管理器的左侧面板上,右键单击Trash图标,然后选择Empty Trash

6. 如仪器已联网,可直接在仪器上启动Chromium,从Illumina Support网站下载软件升级安装程序。如仪器未联网,请使用其他联网电脑下载软件升级安装程序并拷贝到仪器的桌面。

  • 在桌面视图界面,打开左上角的Applications菜单。选择Internet,然后选择Chromium。

注意:如果启动Chromium之后出现unlock login keyring的提示,请忽略并取消提示

 

7.    从Illumina支持网站下载以下软件升级安装程序,并将其保存到桌面。不要解压缩这些文件;将其保留为.tar.gz格式。

  • 使用在线升级需要下载的文件有:

i. DRAGEN Workflows (13 GB)
ii. DRAGEN compression reference file (1.5 GB)

  • 使用离线升级需要下载的文件有:

i. v1.2 SW Suite Installer (1 GB)
ii. DRAGEN Workflows (13 GB)
iii. DRAGEN compression reference file (1.5 GB)
iv. 将license.zip 文件保存到桌面。不要解压缩,将其保留为license.zip

 

 

在线安装

注意:在继续之前,请确认上一节中概述的准备步骤已完成

1. 安装软件套件

a) 在控制软件通知面板中选择software update alert,然后按照提示升级软件套件。

b) 安装过程完成后,将显示确认安装成功的提示,并显示重要的提示。确认提示后,控制软件将自动重新启动。

c) 按照提示进行固件更新。

注意:在此过程中,屏幕将变为空白。请耐心等待图像出现完成该过程。如果5分钟后图像仍未恢复,请手动拨动仪器底部电源开关完成仪器重启。

d) 按照提示重启仪器。

 注意:请确保在仪器关闭后拨动仪器底部的电源开关以完成仪器重启。


e) 打开仪器并以ilmnadmin身份登录。控制软件将自动启动。
注意:出现警报,指示需要更新DRAGEN workflows。继续执行以下步骤来解除警报。

f) 在控制软件菜单的About界面中,确认版本已更新为1.2。

g) 继续执行下一步以安装DRAGEN workflows。

2. 安装DRAGEN workflows和DRAGEN compression reference file

a) 选择控制软件菜单,之后选择DRAGEN。

b) 在Version部分,选择Browse for New Version。



c)  在浏览窗口中选择并双击桌面上的DRAGEN Enrichment workflow *.tar.gz 压缩包。



d)     在控制软件DRAGEN窗口,选择Install 。

e)     弹出提示框,输入ilmnadmin的密码。



f)  对于其他的DRAGEN workflow *.tar.gz 压缩包,重复上述步骤安装。

g)  确认安装的DRAGEN Enrichment workflow 版本已更新到3.7.4。

h)   继续下面步骤安装DRAGEN compression reference file。

3.  安装DRAGEN compression reference file。

a) 选择控制软件菜单,然后选择DRAGEN。

b) 在Genome部分,选择Import New Reference Genomes下面的Choose,找到dragen_compression_ref.tar.gz文件,然后选择Open。

c) 选择Import。 

d) 继续下面步骤更新GRAGEN许可证。

4.  更新GRAGEN许可证

a) 打开控制软件菜单。

b) 在License Renewal下面,选择Renew Online。

c) 确保许可证有效且没有过期(可在控制软件About界面确认)。

5. 最后步骤

a)  安装完成后,将桌面上所有下载的安装文档删除并清空垃圾桶以节省空间。

b) 登录ilmnuser开始测序。

 

离线安装

注意:在继续之前请参考前一节 Preparation步骤

1.     安装软件套件

a)     启动控制软件

 i. 打开控制软件。
ii.  选择Software Update。
iii. 在Browse for Software Update下面选择 Choose 。


iv.  选择桌面上的安装程序。


v.  选择Update Now。

b) 输入ilmnadmin密码并按照提示更新软件套件。

 

 

c) 安装过程完成后,将显示确认安装成功的提示,并显示重要提示。确认提示后,控制软件将自动重新启动。

d) 按照提示进行固件更新。注意:在此过程中,屏幕将变为空白。请耐心等待图像出现完成该过程。如果5分钟后图像仍未恢复,请手动拨动仪器底部电源开关重启仪器。

e) 按照提示重启仪器。

 注意:请确保在仪器关闭后拨动仪器底部的电源开关以完成仪器的重启。

f) 打开仪器并以ilmnadmin身份登录。控制软件将自动启动。
注意:出现警报,指示需要更新DRAGEN workflows。继续执行以下步骤来解除警报。

g) 在控制软件菜单的About界面确认软件版本已更新至1.2。

h) 继续下面步骤安装DRAGEN workflows。

2. 安装DRAGEN workflows 和 DRAGEN compression reference file

a) 选择控制软件菜单,然后选择DRAGEN。

b) 在Version部分,选择Browse for New Version。

c) 在浏览器窗口,选择并双击桌面上的DRAGEN Enrichment workflow *.tar.gz 压缩包。

d) 在控制软件DRAGEN窗口,选择Install。

e) 当出现提示,输入ilmnadmin的密码。

f) 重复上述步骤安装其他的DRAGEN workflow *.tar.gz压缩包。

g) 确认安装的DRAGEN workflows 版本已更新为3.7.4。

h) 继续下面步骤安装DRAGEN compression reference file。

3. 安装DRAGEN compression reference file

a) 选择控制软件菜单,然后选择DRAGEN

b) 在Genome部分选择Import New Reference Genomes下面的Choose, 找到dragen_compression_ref.tar.gz文件,然后选择Open。

c) 选择Import。 

d) 继续下面步骤更新DRAGEN许可证。

4. 更新DRAGEN许可证

a) 在控制软件界面

                i.          打开控制软件菜单。
               ii.          选择DRAGEN。
              iii.          选择License Renewal下面的Choose Offline 。

              iv.          选择桌面上的license.zip文件。
               v.          选择Update。

b) 确保许可证有效且没有过期(可以在控制软件About界面确) 。

c) 最后的步骤

i. 安装完成后,将桌面上所有下载的安装文档删除并清空垃圾桶以节省空间。
ii. 登录ilmnuser开始测序。

 

已知的问题

· 在安装软件套件时,固件升级之后,屏幕可能持续空白。如果5分钟后图像仍未恢复,请切换电源开关并继续。

· 升级过程开始时可能会出现以下信息并阻止软件套件的安装:“Update cannot continue because the following actions are currently in progress: data file copy.”此消息表明有文件正在传输中。如果此问题持续存在,请联系Illumina技术支持。