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AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2

암과의 연관성이 알려진 50개 유전자의 핫스팟 영역을 조사하는 표적 연구 패널.

5시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 표준화 또는 풀링 시간은 포함되지 않음)

Assay 시간

< 1.5시간

수작업 시간

1~100 ng(풀당 10 ng 권장)

사용량

상세한 정보는 사양표를 확인하세요.

개요

AmpliSeq for Illumina 암 핫스팟 패널 v2는 암과의 연관성이 알려진 50개 유전자의 핫스팟 영역에 걸친 체세포 돌연변이를 연구하기 위한 표적 재순서 분석으로, 암에서의 체세포 돌연변이 카탈로그(COSMIC)1 데이터베이스에서 확인된다. 

주요 기능

  • 관련 유전자 함량 -  50개의 종양유전자 및 종양 억제 유전자로부터 얻은 표적 약 2800개의 COSMIC 돌연변이

  • 빠르고 간소화된 워크플로우 - 1 ng의 고품질 또는 10 ng의 포르말린 고정 파라핀 포매(FFPE) 검체에서 하루 만에 시퀀싱 준비 라이브러리 준비

  • 정확한 데이터 - 로컬 또는 클라우드 기반 분석을 사용하여 체세포 돌연변이를 5%까지의 변이 대립유전자 빈도로 탐지

Cancer HotSpot 패널은 Illumina 중합효소 연쇄반응(PCR) 기반 라이브러리 준비를 위한 AmpliSeq, 합성에 의한 Illumina 염기서열분석(SBS) 차세대 염기서열분석(NGS) 기술, 자동 분석을 포함하는 통합 워크플로우의 일부입니다.

이 패널은 폐암, 결장암, 유방암, 난소암, 흑색종, 전립선암을 포함한 여러 암 유형 내에서 매우 민감한 변이를 검출할 수 있게 한다. 바로 사용할 수 있는 패널은 표적을 식별하고, 프라이머를 설계하고, 패널을 최적화하는 데 드는 시간과 노력을 절약해 줍니다.

Ampliseq for Illumina에 대해 자세히 알아보기

사양

Assay 시간 5시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 표준화 또는 풀링 시간은 포함되지 않음)
Cancer type Pan-cancer, Solid tumor
콘텐츠 사양 암과의 연관성이 알려져 있는 50개 유전자의 핫스팟 영역
설명 50개 암 관련 유전자의 핫스팟 영역에 대한 체세포 분석 연구.
수작업 시간 < 1.5시간
사용량 1~100 ng(풀당 10 ng 권장)
Instruments MiSeq System, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System
작용 기전 Multiplex PCR
방법 Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing
멀티플렉싱 이중 인덱스 조합 96개
Nucleic acid type DNA
앰플리콘 수 총 207개. 풀 1개.
특수 샘플의 종류 FFPE tissue
Species category Human
Technology Sequencing
변이 클래스 Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants, Insertions-deletions (indels)

필수 제품

AmpliSeq for Illumina 암 핫스팟 패널 워크플로우에는 암 핫스팟 패널, 라이브러리 플러스 키트 및 인덱스 어댑터가 필요합니다.

/ 결과

애플리케이션

예시 워크플로우

1
준비

Illumina 암 핫스팟 패널 v2용 AmpliSeq

2
시퀀스
3
분석

프로젝트 권장 사항

기기 Recommended number of samples Read length
iSeq 100 System

16 samples per run (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp
MiniSeq System

Samples per run: mid output: 32, high output: 96 (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp
MiSeq System

Samples per run (by reagent kit version): v2 nano: 4, v2 micro: 16, v2: 60, v3: 96 (assumes minimum coverage of 500×)

2 × 150 bp

관련 애플리케이션 및 방법

표적 재시퀀싱

표적 재시퀀싱을 통해 유전자 또는 유전체 영역의 부분집합을 분리하고 시퀀스를 분석하며, 이를 통해 검사실의 리소스를 절약할 수 있습니다.

Library Prep and Array Kit Selector

Find the right sequencing library preparation kit or microarray for your needs. Filter by method, species, and more. Compare, share, and order kits.

암 유전체학 연구

Illumina의 시퀀싱 및 마이크로어레이 기술은 DNA부터 RNA 분석, 후성유전학 등에 이르기까지 다양한 암 유전체학 연구 애플리케이션을 지원합니다.

문서

제품 관련 자료
Support documentation

비교하기

AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 AmpliSeq for Illumina Focus Panel AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 TruSight Tumor 15
Assay 시간 5시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 표준화 또는 풀링 시간은 포함되지 않음) 5~6시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 정규화 또는 통합 시간은 포함되지 않음) 5~6시간(라이브러리 준비만 해당, 라이브러리 정량화, 정규화 또는 통합 시간은 포함되지 않음) 7시간
Cancer type Pan-cancer, Solid tumor Solid tumor Solid tumor Pan-cancer, Solid tumor
콘텐츠 사양 암과의 연관성이 알려져 있는 50개 유전자의 핫스팟 영역 52개의 종양유전자에 대한 DNA 및 RNA 표적 161개의 종양유전자에 대한 DNA 및 RNA 표적 고형 종양과 관련된 15개의 유전자로부터 250개의 앰플리콘을 증폭
설명 50개 암 관련 유전자의 핫스팟 영역에 대한 체세포 분석 연구. 고형암과 연관되어 있는 52개 유전자에 대한 체세포 분석 연구용입니다. 고형암과 연관되어 있는 유전자*의 핫스팟 및 전장 표적에 대한 체세포 분석 연구. 20 ng DNA를 사용하여 고형암에서 흔히 돌연변이된 15개 유전자에 대한 NGS 분석. 
수작업 시간 < 1.5시간 < 1.5시간 <1.5시간 3.5시간
사용량 1~100 ng(풀당 10 ng 권장) 1~100 ng(풀당 10 ng 권장) 1~100 ng(풀당 10 ng 권장) 20 ng FFPE DNA 
Instruments MiSeq System, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System MiSeq System, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System NextSeq 550 System, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode MiSeq System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeq System
작용 기전 Multiplex PCR Multiplex PCR Multiplex PCR
방법 Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing, Targeted RNA sequencing Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing, Targeted RNA sequencing Targeted DNA sequencing, Amplicon sequencing
멀티플렉싱 이중 인덱스 조합 96개 이중 인덱스 조합 96개 이중 인덱스 조합 96개 1~24플렉스
Nucleic acid type DNA DNA, RNA DNA, RNA DNA
앰플리콘 수 총 207개. 풀 1개. 총 553개. 풀 2개. (DNA 풀: 269개 앰플리콘. RNA 풀: 284개 앰플리콘.) 총 4,648개 4개 풀(DNA 풀 1: 1,891개 앰플리콘. DNA 풀 2: 1,890개 앰플리콘. RNA 풀 1: 447개 앰플리콘. RNA 풀 2: 420개 앰플리콘.)
특수 샘플의 종류 FFPE tissue FFPE tissue FFPE tissue FFPE tissue
Species category Human Human Human Human
Technology Sequencing Sequencing Sequencing Sequencing
변이 클래스 Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants, Insertions-deletions (indels) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Somatic variants, Insertions-deletions (indels)

패널 (1)

AmpliSeq™ Cancer HotSpot Panel v2 for Illumina®

20019161

50개의 암 관련 유전자의 핫스팟 영역 전반에서 체세포 돌연변이를 평가하기 위한 표적 패널. 키트에는 24개의 반응이 포함되어 있습니다. Library PLUS 및 인덱스 어댑터는 별도 판매됩니다.

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라이브러리 프렙 (3)

AmpliSeq™ Library PLUS (24 Reactions) for Illumina®

20019101

24개의 라이브러리를 준비하기 위한 시약이 포함되어 있습니다. AmpliSeq for Illumina 패널 및 인덱스 어댑터를 별도로 구입하십시오.

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AmpliSeq™ Library PLUS (96 Reactions) for Illumina®

20019102

96개의 라이브러리를 준비하기 위한 시약이 포함되어 있습니다. AmpliSeq for Illumina 패널 및 인덱스 어댑터를 별도로 구입하십시오.

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AmpliSeq™ Library PLUS (384 Reactions) for Illumina®

20019103

384 라이브러리를 준비하기 위한 시약이 포함되어 있습니다. AmpliSeq for Illumina 패널 및 인덱스 어댑터를 별도로 구입하십시오.

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인덱스 어댑터 (6)

AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina® (24 Indexes, 24 Samples)

20019104

24개의 검체 라벨링에 충분한 24개의 지수를 포함한다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®

20019105

96개의 검체 라벨링에 충분한 96개의 색인을 포함한다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®

20019106

96개의 검체 라벨링에 충분한 96개의 색인을 포함한다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®

20019107

96개의 검체 라벨링에 충분한 96개의 지수를 포함한다. 라이브러리 준비 및 인리치먼트 시약과 프로브 패널을 별도로 구매해 보세요.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®

20019167

96개의 검체 라벨링에 충분한 96, 8 bp 지수를 포함한다. 라이브러리 준비 시약과 프로브 패널을 별도로 구입합니다.

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AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina® (384 Indexes, 384 Samples)

20031676

Illumina, 세트 A, 세트 B, 세트 C 및 세트 D용 AmpliSeq CD 인덱스 4세트가 포함됩니다. 각 세트에는 96개의 샘플에 라벨을 부착하기에 충분한 96, 8bp 인덱스가 포함되어 있습니다. 라이브러리 준비 및 프로브 패널을 별도로 구입합니다.

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액세서리 제품 (3)

AmpliSeq™ for Illumina® Sample ID Panel

20019162

AmpliSeq Library PLUS for Illumina와 페어링 시 96개 반응에 충분한 8개의 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP) 표적 프라이머 쌍과 1개의 성별 구별 프라이머 쌍이 포함됩니다. 빠르고 정확한 시료 식별이 가능합니다. 라이브러리 준비, 프로브 패널 및 인덱스 어댑터를 별도로 구입하십시오.

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AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA

20023378

파라핀 제거 또는 DNA 정제 없이 Illumina 프로토콜용 AmpliSeq를 사용하여 라이브러리 구성을 위해 비염색 슬라이드 장착 FFPE 조직으로부터 DNA를 준비하는 24가지 반응을 포함합니다.

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AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®

20019171

시퀀싱을 위해 Illumina 라이브러리용 AmpliSeq를 준비할 때 라이브러리 정규화를 위한 비드 및 시약이 포함됩니다.

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NovaSeq X 시리즈 주문

발전된 화학 반응, 광학 및 인포매틱스가 결합되어 뛰어난 속도와 데이터 품질, 뛰어난 처리량과 확장성을 제공합니다.

MiSeq Reagent Kit v3

클러스터 밀도와 판독 길이를 높여 이전 버전에 비해 시퀀싱 품질 점수를 개선하는 최적화된 시약 키트입니다.

TruSight Oncology 500

FFPE 조직의 모든 주요 변이 계열과 유전자 시그니처(TMB, MSI, HRD)를 포함하는 대형 범암 패널로 CGP를 활성화합니다.

Illumina DNA Prep

광범위한 시퀀싱 애플리케이션에 사용하기 위한 매우 정확한 데이터를 생성하는 효율적이고 빠른 통합 라이브러리 프렙 워크플로우입니다.

iSeq 100 Reagents

iSeq 100 System용 시약은 간단하고 저렴한 시퀀싱을 위한 1채널 SBS 화학 및 CMOS 기술을 갖춘 즉시 사용 가능한 카트리지가 특징입니다.

참고 문헌

  1. Kingsmore S. 암의 신체 돌연변이 카탈로그 – 홈페이지. http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic. 2017년 10월 25일 접속.

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